Розробка системи ПЛР ідентифікації РНК-2 ізоляту ВНПЖБ для екологічного оцінювання фітосанітарного стану
DOI:
https://doi.org/10.33730/2077-4893.2.2015.271559Ключові слова:
вірус некротичного пожовтіння жилок буряку (ВНПЖБ), РНК-2, ген, ПЛР, дизайн, праймер, ідентифікаціяАнотація
Проведено біоінформативний аналіз нуклеотидних послідовностей РНК-2 ізолятів вірусу некротичного пожовтіння жилок буряку (ВНПЖБ). Встановлено консервативні послідовності гена, що кодує протеїн Р75 ВНПЖБ, та розроблено дизайн праймерів, специфічних до нуклеотидних послідовностей геному для ідентифікації протеїну P75 РНК-2 ВНПЖБ. Синтезовано специфічні олігонуклеотидні праймери Forward 5’- CTTTGGCAGGATTAGGCTCG -3’, Reverse 5’- CACTCGGGACTATCACCAGG -3’. Розроблену систему було випробувано та підтверджено ефективність її використання на моделі кДНК українського ізоляту ВНПЖБ. Оптимізовано систему ідентифікації РНК-2 за температурними показниками відпалу праймерів і встановлено, що оптимальна температура варіює в межах 50–62°С. Отримані результати дають змогу ідентифікувати РНК-2 ВНПЖБ у зразках цукрових буряків та створюють передумови для розробки кількісних методів діагностики та ідентифікації ВНПЖБ.
Посилання
Bouzoubaa S., Ziegler V., Beck D. et al. (1986). Nucleotide Sequence of Beet Necrotic Yellow Vein Virus RNA-2, J. gen. Virol. no. 67, рр. 1689–1700 (in English).
Pavli O.I. (2010). Molecular characterization of beef necrotic yellow vein virus in Greece and transgenic approaches towards enhancing rhizomania disease resistance: dissert. of doctor of agricultural sciences, Wageningen, 166 р. (in English).
Pferdmenges F. (2007). Occurrence, spread and pathogenicity of different Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV) isolates: dissertation zur Erlangung des Doktorgrades der Fäkultät für Agrarwissenschaften Göttingen, 111 р. (in English).
Canova A. (1959). Appunti di patologia della barbabietola. Inf. Fitopatol, no. 20, pp. 390–396 (in English).
Andrew M.Q. King, Michael J. Adams, Eric B. Carstens (2011). Virus Taxonomy: The Classification and Nomenclature of Viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego, CA. USA: Elsevier Academic Press, 1327 p. (in English).
Dunoyer P., Pfeffer S., Fritsch C. (2002). Identification, subcellular localization and some properties of a cysteine-rich suppressor of gene silencing encoded by peanut clump virus. Plant Journal, no. 29, pp. 555–567 (in English).
Tamada T., Kusume T. (1991). Evidence that the 75K readthrough protein of beet necrotic yellow vein virus RNA-2 is essential for transmission by the fungus Polymyxa betae. Journal of General Virology, no. 72, pp. 1497–1504. (in English).
National Center for Biotechnology Information. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed (in English).
Multiple sequence alignment by Florence Corpet. Available at: http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin (in English).
Primer3web version 4.0.0 – Pick primers from a DNA sequence. Available at: http://primer3.ut.ee (in English).
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право і ліцензування
Умови ліцензії: автори зберігають авторські права і надають журналу право першої публікації з роботою, одночасно ліцензованої за ліцензією Creative Commons Attribution License International CC-BY, яка дозволяє іншим ділитися роботою з визнанням авторства роботи і початкової публікації в цьому журналі.
Якщо стаття прийнята до публікації в «Агроекологічний журнал», автор повинен підписати угоду про передачу авторських прав. Угода відправляється на поштову (оригінал) або адресу електронної пошти (відсканована копія) редакції журналу.
Цією угодою автор підтверджує, що представлені матеріали:
- не порушують авторських прав інших осіб або організацій;
- раніше не публікувались в інших видавництвах і не були представлені для публікації в інших виданнях.
Автор передає редакції «Агроекологічного журналу» права на:
- публікації статті українською (англійською та російською) мовою і поширення її друкованої копії;
- поширення електронної копії статті, а також електронної копії перекладу статті на англійську мову (для статей українською та російською мовами), будь-якими електронними засобами (розміщення на офіційному сайті журналу, електронних баз даних, сховищ тощо) друкована копія перекладу.
Автор залишає за собою право без згоди редакції та засновників:
- Використовувати матеріали статті повністю або частково в ознайомлювальних цілях.
- Використовувати матеріали статті повністю або частково для написання власних дисертацій.
- Використовувати матеріали статті для підготовки тез доповідей, доповідей конференцій, а також усних доповідей.
- Додати електронні копії статті (включаючи остаточну електронну копію, завантажену з офіційного сайту журналу) за адресою:
- персональні веб-ресурси всіх авторів (веб-сайти, веб-сторінки, блоги тощо);
- веб-ресурси установ, в яких працюють автори;
- некомерційні веб-ресурси відкритого доступу (наприклад, arXiv.org).
У всіх випадках наявність бібліографічного посилання на статтю або гіперпосилання на її електронну копію на офіційному сайті журналу є обов'язковим.
